باقر مؤمنی پس از کودتای ۲۸ مرداد، ایران را ترک نکرد و به کشورهای بلوک شرق پناه نبرد. تا زمان دستگیری‌اش به دست ساواک در سال ۱۳۳۵، زندگی مخفی داشت. پس از اینکه بقایای مرکزیت حزب توده ایران از کشور خارج شدند و یا به زندان افتادند، به عضویت در آخرین کمیته‌ی رهبری حزب توده در ایران، برکشیده شد. در سال ۱۳۳۵، مؤمنی هم به چنگ ساواک می‌افتد و چند سالی از زندگی‌اش را در زندان می‌گذراند.
وقتی دوره‌ی حبس به پایان می‌رسد واز زندان بیرون می‌آید جزو اندک شمارانی از آن نسل است که به ارزش‌های انسانی خود پایبندند؛ همچنان خود را مارکسیست می‌خوانند و ضد نظام سرمایه‌داری. به امر سیاسی و پیکار دموکراتیک هم پایبند است. اما پس از آزادی از زندان در سال ۱۳۳۷، راه مبارزه‌ی فکری با نظام سیاسی حاکم را برمی‌گزیند و چون یک پژوهشگر مارکسیست به تاریخ روشن‌نگری ایران می‌پردازد و زمینه‌های برآمدن عینی و ذهنی انقلاب مشروطیت را برمی‌رسد.